JAHIS標準13-005

JAHIS病理・臨床細胞DICOM画像データ規約Ver.2.0

注意:この標準類は旧版です。最新版はこちらをご覧ください。


ま え が き

 院内における病理・臨床細胞部門情報システム(APIS: Anatomic Pathology Information System)の導入及び運用を加速するため、一般社団法人 保健医療福祉情報システム工業会(JAHIS)では、病院情報システム(HIS)と病理・臨床細胞部門情報システム(APIS)とのデータ交換の仕組みを検討しデータ交換規約(HL7 Ver2.5 準拠の「病理・臨床細胞データ交換規約 Ver.1.0」)を作成した。

 一方、医用画像の標準規格であるDICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)においては、臓器画像と顕微鏡画像、WSI(Whole Slide Images)に関する規格が制定された。

 しかしながら、病理・臨床細胞部門では対応実績を持つ製品が未だない実状に鑑み、この規格の普及を促進すべく、まず、病理・臨床細胞部門で多く扱われている臓器画像と顕微鏡画像の規約を2012年2月に「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約 Ver.1.0」として作成した。

 そして、近年、バーチャルスライドといった新しい製品の投入により、病理・臨床細胞部門においても大規模な画像が扱われるようになり、本規約書にWSIに関する規格の追加が急がれ、ここにVer.2.0として発行する運びとなった。

 本規約をまとめるにあたり、ご協力いただいた関係団体や諸先生方に深く感謝する。本規約が医療資源の有効利用、保健医療福祉サービスの連携・向上を目指す医療情報標準化と相互運用性の向上に多少とも貢献できれば幸いである。

 

2013年6月
一般社団法人 保健医療福祉情報システム工業会
検査システム委員会


目 次

1. はじめに... 1
2. 適用範囲... 2
3. 引用規格・引用文献... 3
4. 用語定義... 4
 4.1. 主要用語... 4
 4.2. 値表現(VR). 11
  4.2.1. AE 応用エンティティ (Application Entity). 11
  4.2.2. AS 年齢列 (Age String). 11
  4.2.3. AT 属性タグ (Attribute Tag). 12
  4.2.4. CS コ-ド列 (Code String). 12
  4.2.5. DA 日付 (Date). 12
  4.2.6. DS 10進数列 (Decimal String). 13
  4.2.7. DT 日時 (Date Time). 13
  4.2.8. FL 単精度浮動小数点 (Floating Point Single). 13
  4.2.9. FD 倍精度浮動小数点 (Floating Point Double). 13
  4.2.10. IS 整数列 (Integer String). 14
  4.2.11. LO 長列 (Long String). 14
  4.2.12. LT 長テキスト (Long Text). 14
  4.2.13. OB その他のバイト列 (Other Byte String). 14
  4.2.14. OF その他の浮動列 (Other Float String). 15
  4.2.15. OW その他のワード列 (Other Word String). 15
  4.2.16. PN 人名 (Person Name). 15
  4.2.17. SH 短列 (Short String). 17
  4.2.18. SL 符号付長整数 (Signed Long). 17
  4.2.19. SQ 項目のシーケンス (Sequence of Items). 17
  4.2.20. SS 符号付き短整数 (Signed Short). 17
  4.2.21. ST 短テキスト (Short Text). 18
  4.2.22. TM 時間 (Time). 18
  4.2.23. UI 固有識別子 (Unique Identifier). 18
  4.2.24. UL 符号なし長整数 (Unsigned Long). 19
  4.2.25. UN 未知 (Unknown). 19
  4.2.26. US 符号なし短整数 (Unsigned Short). 19
  4.2.27. UT 無制限テキスト (Unlimited Text). 19
  4.2.28. 注意... 20
 4.3. データ要素タイプ... 21
  4.3.1. タイプ1 必須データ要素... 21
  4.3.2. タイプ1C 条件付きデータ要素... 21
  4.3.3. タイプ2 必須データ要素... 21
  4.3.4. タイプ2C 条件付きデータ要素... 21
  4.3.5. タイプ3 任意選択データ要素... 22
  4.3.6. シーケンス内のデータ要素タイプ... 22
 4.4. シーケンス... 23
 4.5. 属性マクロ... 24
5. 説明的な情報... 25
 5.1. 標本の識別・管理... 25
 5.2. 全スライド顕微鏡画像 WSI(Whole Slide Images). 40
6. DICOM画像データ構造... 53
 6.1. 画像データ構造... 53
  6.1.1. シングルフレーム構造... 53
  6.1.2. マルチフレーム-非連結構造... 54
  6.1.3. マルチフレーム-連結構造... 55
 6.2. DICOMファイルメタ情報... 57
 6.3. VL(可視光)顕微鏡画像情報オブジェクト定義... 60
 6.4. VL(可視光)スライド座標顕微鏡画像情報オブジェクト定義... 61
 6.5. VL(可視光)写真画像像報オブジェクト定義... 62
 6.6. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)情報オブジェクト定義... 63
 6.7. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)機能グループマクロ定義... 65
7. 情報オブジェクト定義(IOD)モジュール... 67
 7.1. 患者モジュール (Patient Module). 67
 7.2. 一般検査モジュール (General Study Module). 72
 7.3. 一般シリーズモジュール(General Series Module). 76
 7.4. 基準座標系モジュール (Frame Of Reference Module). 81
 7.5. 一般的装置モジュール (General Equipment Module). 83
 7.6. 一般画像モジュール (General Image Module). 88
 7.7. 画像画素モジュール (Image Pixel Module). 98
 7.8. 収集コンテキストモジュール (Acquisition Context Module). 109
 7.9. 標本モジュール (Specimen Module). 112
 7.10. VL(可視光)画像モジュール (VL Image Module). 119
 7.11. スライド座標モジュール (Slide Coordinates Module). 125
 7.12. SOP共通モジュール (SOP Common Module). 129
 7.13. マルチフレーム機能グループモジュール (Multi-frame Functional Groups Module)  141
 7.14. マルチフレームディメンションモジュール (Multi-frame Dimension Module)  148
 7.15. 共通インスタンス参照モジュール (Common Instance Reference Module)  155
 7.16. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像シリーズモジュール 
          (VL Whole Slide Microscopy Series Module). 157
 7.17. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像モジュール
          (VL Whole Slide Microscopy Image Module)  158
 7.18. 光路モジュール (Optical Path Module). 166
 7.19. マルチ解像度ナビゲーションモジュール (Multi-Resolution Navigation Module)  172
 7.20. スライドラベルモジュール (Slide Label Module). 174
 7.21. ICCプロファイルモジュール (ICC Profile Module). 175
 7.22. パレットカラールックアップテーブルモジュール (Palette Color Lookup Table Module)  177
8. 属性マクロ... 184
 8.1. コードシーケンスマクロ (Code Sequence Macro). 184
 8.2. 人識別マクロ (Person Identification Macro). 188
 8.3. 内容項目マクロ (Content Item Macro). 190
 8.4. 画像SOPインスタンス参照マクロ (Image SOP Instance Reference Macro)  194
 8.5. 一般病理マクロ (General Anatomy Macros). 195
  8.5.1. 一般病理必須マクロ (General Anatomy Mandatory Macro). 196
  8.5.2. 一般病理要求マクロ (General Anatomy Required Macro). 197
  8.5.3. 一般病理任意マクロ (General Anatomy Optional Macro). 198
  8.5.4. 主要病理構造マクロ (Primary Anatomy Structure Macro). 199
 8.6. 依頼属性マクロ (Request Attributes Macro). 200
 8.7. SOPインスタンス参照マクロ (SOP Instance Reference Macro). 203
 8.8. 実行検査構成要素概要マクロ (Performed Procedure Step Summary Macro)  204
 8.9. HL7 v2階層指定子マクロ (HL7v2 Hierarchic Designator Macro). 206
 8.10. 患者ID発行者マクロ (Issuer of Patient ID Macro). 207
 8.11. デジタル署名マクロ (Digital Signatures Macro). 209
 8.12. シリーズとインスタンス参照マクロ (Series and Instance Reference Macro)  216
 8.13. 共通の機能グループマクロ (Common Functional Group Macros). 217
  8.13.1. ピクセル測定値マクロ (Pixel Measures Macro). 217
  8.13.2. フレームコンテンツマクロ (Frame Content Macro). 221
 8.14. 派生画像マクロ (Derivation Image Macro). 229
 8.15. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)機能グループマクロ... 231
  8.15.1. 平面位置(スライド)マクロ (Plane Position (Slide) Macro). 231
  8.15.2. 光路識別マクロ (Optical Path Identification Macro). 233
  8.15.3. 標本参照マクロ (Specimen Reference Macro). 234
9. マッピングリソース... 235
 9.1. 略語等説明... 235
 9.2. テンプレートID (TID). 237
  9.2.1. TID 8001 Specimen Preparation (標本準備). 237
  9.2.2. TID 8002 Specimen Sampling (標本サンプリング(切り出し)). 239
  9.2.3. TID 8003 Specimen Staining (標本の染色). 240
  9.2.4. TID 8004 Specimen Localization (標本の位置決め). 241
 9.3. コンテキストID (CID). 243
  9.3.1. CID 2 Anatomic Modifier (病理修飾語). 243
  9.3.2. CID 82 Units of Measurement (測定単位). 244
  9.3.3. CID 4206 Ophthalmic Channel Description (目のチャネル記述). 245
  9.3.4. CID 5001 Countries (国). 245
  9.3.5. CID 5002 Organizations (組織). 245
  9.3.6. CID 7004 Waveform Purposes of Reference (参照の波形目的). 246
  9.3.7. CID 7005 Contributing Equipment Purposes of Reference (参照の貢献設備目的)  246
  9.3.8. CID 7007 Signature Purpose (署名目的). 246
  9.3.9. CID 7030 Institutional Departments, Units and Services
           (制度上の部門、ユニットやサービス). 247
  9.3.10. CID 7201 Referenced Image Purposes of Reference (参照の参照画像目的)  249
  9.3.11. CID 7202 Source Image Purposes of Reference (参照の原画像目的)  249
  9.3.12. CID 7203 Image Derivation (画像派生). 250
  9.3.13. CID 7210 Related Series Purposes Of Reference (参照の関連するシリーズ目的)  251
  9.3.14. CID 7454 Species (種). 251
  9.3.15. CID 7480 Breed (種族). 252
  9.3.16. CID 7481 Breed Registry (種属登録). 306
  9.3.17. CID 7486 Mixed Breeds (混血). 307
  9.3.18. CID 8101 Container Types (コンテナタイプ). 308
  9.3.19. CID 8102 Container Component Types (コンテナ構成要素タイプ)  308
  9.3.20. CID 8103 Anatomic Pathology Specimen Types (病理標本タイプ)  309
  9.3.21. CID 8104 Breast Tissue Specimen Types (乳房組織標本タイプ)  310
  9.3.22. CID 8109 Specimen Collection Procedure (採取法). 311
  9.3.23. CID 8110 Specimen Sampling Procedure (標本サンプリング(切り出し)法)  312
  9.3.24. CID 8111 Specimen Preparation Procedure (標本準備法). 313
  9.3.25. CID 8112 Specimen Stains (標本の染色法). 313
  9.3.26. CID 8113 Specimen Preparation Steps (標本準備工程). 322
  9.3.27. CID 8114 Specimen Fixatives (標本固定剤). 323
  9.3.28. CID 8115 Specimen Embedding Media (標本の包埋媒体). 324
  9.3.29. CID 8120 WSI REFERENCED IMAGE PURPOSES OF REFERENCE
           (WSI参照画像の参照目的)  325
  9.3.30. CID 8121 MICROSCOPY LENS TYPE (顕微鏡レンズの種別). 325
  9.3.31. CID 8122 MICROSCOPY ILLUMINATOR AND SENSOR COLOR
           (顕微鏡照明装置とセンサカラー). 326
  9.3.32. CID 8123 MICROSCOPY ILLUMINATION METHOD (顕微鏡の照明方法)  326
  9.3.33. CID 8124 MICROSCOPY FILTER (顕微鏡のフィルター). 327
  9.3.34. CID 8125 MICROSCOPY ILLUMINATOR TYPE (顕微鏡照明装置の種別)  328
 9.4. DICOM制御用語定義... 329
 9.5. 標準SOPクラス... 332
10. 追加情報... 333
 10.1. 日本語における文字集合および人名の値表現... 333
 10.2. 値符号化... 336
  10.2.1. PNの値表現をもつデータ要素の中の表意文字と表音文字... 336
  10.2.2. 未知(UN)値表現... 337
 10.3. 値複数度(VM)と区切り... 338
 10.4. データ集合... 339
  10.4.1. データ要素... 339
  10.4.2. グループ長さ... 342
  10.4.3. ビッグエンディアンとリトルエンディアンのバイト順... 343
  10.4.4. データ集合の入れ子構造... 344
 10.5. 固有識別子(UID). 348
 10.6. 私的定義固有識別子の生成... 350
  10.6.1. JAHIS会員のための私的定義固有識別子(UID). 351
 10.7. ネイティブまたはカプセル化フォーマット符号化... 352
  10.7.1. JPEG画像圧縮... 353
  10.7.2. JPEG2000画像圧縮... 354
 10.8. 転送構文... 356
  10.8.1. DICOMデフォルト転送構文... 356
  10.8.2. JPEG可逆圧縮のDICOMデフォルトに対する転送構文... 357
  10.8.3. JPEG非可逆圧縮のDICOMデフォルトに対する転送構文... 357
  10.8.4. JPEG2000圧縮のための転送構文... 358
 10.9. 転送構文仕様... 359
  10.9.1. DICOM暗黙的VRリトルエンディアン転送構文... 359
  10.9.2. DICOMリトルエンディアン転送構文(明示的VR). 360
  10.9.3. DICOMビッグエンディアン転送構文(明示的VR). 362
  10.9.4. 符号化画素データのカプセル化のための転送構文... 363

付録‐1. 標本管理ユースケース... 372
(1) ユースケース-1 :外科病理―手術材料... 372
(2) ユースケース-2 :内視鏡下生検... 373
付録‐2. DICOM画像フォーマット例(1)... 374
(1) 切り出し画像... 374
(2) 顕微鏡画像... 380
(3) スライド座標系顕微鏡画像... 394
(4) 具体的なデータ例... 399
付録‐3. DICOM画像フォーマット例(2)... 408
(1) 全スライド顕微鏡画像(WSI)... 408
付録‐4. 作成者名簿... 417
改訂履歴... 418
 

 

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