JAHIS標準22-008

JAHIS病理・臨床細胞DICOM画像データ規約Ver.4.0

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ま え が き
 

 院内における病理・臨床細胞部門情報システム(AP-LIS: Anatomic Pathology Laboratory Information System)の導入及び運用を加速するため、一般社団法人 保健医療福祉情報システム工業会(JAHIS)では、病院情報システム(HIS)と病理・臨床細胞部門情報システム(AP-LIS)とのデータ交換の仕組みを検討しデータ交換規約(HL7 Ver2.5 準拠の「病理・臨床細胞データ交換規約」)を作成した。
 一方、医用画像の標準規格であるDICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)においては、臓器画像と顕微鏡画像、WSI(Whole Slide Images)に関する規格が制定されたことにより、この規格の普及を促進すべく「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約」を作成した。
 
 「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約」では、病理・臨床細胞部門の画像データに関する臓器画像と顕微鏡画像、大容量の画像を扱うWSI(Whole Slide Images)について必要な情報オブジェクト定義(IOD)モジュールおよび属性マクロのみ抽出して表記し、さらに、標本モジュールの改定に伴い、病理・臨床細胞分野に特有の標本の「識別・管理」についてユースケースを追加して表記した。
 
 DICOM規格は、1年に数回改定されるが、今回の「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約Ver.4.0」は、DICOM規格2022aを基に「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約Ver.3.1」を改定した。
 Ver3.1からの変更点(追加、削除等)は、①アノテーション関連モジュールの追加、②任意選択データ要素(TYPE3)の省略、③参照されなくなったモジュールの削除、④DICOMフォーマット例の見直しである。
 
 現在、WG-26(Pathology)では、WSI-PACS-Viewer間での接続検証実験が頻繁に開催されている。
 日本のベンダーは未だ参加されていないが、今回の規約改定で任意選択データ要素(TYPE3)を省略し必要最低限のデータ要素のみ記載したことにより、本規格の理解が容易になったのではないかと考える。このことにより日本のベンダーの本規格の実装の早期推進、そして接続検証実験への早期参加を期待したい。
 
 本規約が医療資源の有効利用、保健医療福祉サービスの連携・向上を目指す医療情報標準化に多少とも貢献できれば幸いである

2022年9月
一般社団法人 保健医療福祉情報システム工業会
検査システム委員会


目 次

1. はじめに. 1
2. 適用範囲. 2
3. 引用規格・引用文献. 3
4. 用語定義. 4
 4.1. 主要用語. 4
 4.2. 値表現(VR) 8
  4.2.1. AE アプリケーションエンティティ (Application Entity) 8
  4.2.2. AS 年齢列 (Age String) 8
  4.2.3. AT 属性タグ (Attribute Tag) 8
  4.2.4. CS コ-ド列 (Code String) 9
  4.2.5. DA 日付 (Date) 9
  4.2.6. DS 10進数列 (Decimal String) 9
  4.2.7. DT 日時 (Date Time) 9
  4.2.8. FL 単精度浮動小数点 (Floating Point Single) 10
  4.2.9. FD 倍精度浮動小数点 (Floating Point Double) 10
  4.2.10. IS 整数列 (Integer String) 10
  4.2.11. LO 長文字列 (Long String) 11
  4.2.12. LT 長テキスト (Long Text) 11
  4.2.13. OB その他のバイト列 (Other Byte) 11
  4.2.14. OD その他の倍精度浮動列 (Other Double) 11
  4.2.15. OF その他の浮動列 (Other Float) 11
  4.2.16. OL その他のロング列 (Other Long) 11
  4.2.17. OV その他の64ビロング列 (Other 64-bit Very Long) 12
  4.2.18. OW その他のワード列 (Other Word) 12
  4.2.19. PN 人名 (Person Name) 12
  4.2.20. SH 短列 (Short String) 13
  4.2.21. SL 符号付長整数 (Signed Long) 13
  4.2.22. SQ 項目のシーケンス (Sequence of Items) 13
  4.2.23. SS 符号付き短整数 (Signed Short) 13
  4.2.24. ST 短テキスト (Short Text) 13
  4.2.25. SV 符号付き64ビット整数 (Signed 64-bit Very Long) 13
  4.2.26. TM 時間 (Time) 14
  4.2.27. UC 無制限文字 (Unlimited Characters) 14
  4.2.28. UI 固有識別子 (Unique Identifier) 14
  4.2.29. UL 符号なし長整数 (Unsigned Long) 14
  4.2.30. UN 未知 (Unknown) 15
  4.2.31. UR 一般的なリソース識別子または、一般的なリソースロケータ (Universal Resource Identifier or Universal Resource Locator (URI/URL)) 15
  4.2.32. US 符号なし短整数 (Unsigned Short) 15
  4.2.33. UT 無制限テキスト (Unlimited Text) 15
  4.2.34. UV 符号なし64ビット整数 (Unsigned 64-bit Very Long) 15
  4.2.35. 注意. 16
 4.3. データ要素タイプ. 17
  4.3.1. タイプ1 (必須データ要素). 17
  4.3.2. タイプ1C (条件付き必須データ要素). 17
  4.3.3. タイプ2 (必要データ要素). 17
  4.3.4. タイプ2C (条件付き必要データ要素). 17
  4.3.5. タイプ3 (任意選択データ要素). 17
  4.3.6. シーケンス内のデータ要素タイプ. 18
 4.4. シーケンス. 19
 4.5. 属性マクロ. 20
5. 説明的な情報. 21
 5.1. 標本の識別・管理. 21
 5.2. 全スライド顕微鏡画像 WSI(Whole Slide Images) 30
6. DICOM画像データ構造. 38
 6.1. 画像データ構造. 38
  6.1.1. シングルフレーム構造. 38
  6.1.2. マルチフレーム-非連結構造. 38
  6.1.3. マルチフレーム-連結構造. 39
 6.2. DICOMファイルメタ情報. 41
 6.3. VL Microscopic Image IOD Module Table (VL(可視光)顕微鏡画像情報オブジェクト定義) 44
 6.4. VL Slide-Coordinates Microscopic Image IOD Module Table (VL(可視光)スライド座標顕微鏡画像情報オブジェクト定義) 45
 6.5. VL Photographic Image IOD Module Table (VL(可視光)写真画像情報オブジェクト定義) 46
 6.6. VL Whole Slide Microscopy Image IOD (VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)情報オブジェクト定義) 47
 6.7. VL Whole Slide Microscopy Image Functional Group Macros (VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)機能グループマクロ定義) 49
 6.8. Microscopy Bulk Simple Annotations IOD (顕微鏡バルクシンプルアノテーション情報オブジェクト定義) 50
7. 情報モジュール定義 (Information Module Definitions) 51
 7.1. 患者モジュール (Patient Module) 51
 7.2. 一般検査モジュール (General Study Module) 52
 7.3. 一般シリーズモジュール(General Series Module) 53
 7.4. 基準座標系モジュール (Frame of Reference Module) 54
 7.5. 一般的装置モジュール (General Equipment Module) 56
 7.6. 拡張一般的装置モジュール (Enhanced General Equipment Module) 57
 7.7. 一般画像モジュール (General Image Module) 58
 7.8. 画像画素モジュール (Image Pixel Module) 59
 7.9. 撮像コンテキストモジュール (Acquisition Context Module) 65
 7.10. マルチフレーム機能グループモジュール (Multi-frame Functional Groups Module) 66
 7.11. マルチフレームディメンションモジュール (Multi-frame Dimension Module) 70
 7.12. 標本モジュール (Specimen Module) 75
8. モダリティ固有モジュール (Modality Specific Modules) 78
 8.1. VL(可視光)画像モジュール (VL Image Module) 78
 8.2. スライド座標モジュール (Slide Coordinates Module) 80
 8.3. 全スライド顕微鏡画像シリーズモジュール (Whole Slide Microscopy Series Module) 82
 8.4. 全スライド顕微鏡画像モジュール (Whole Slide Microscopy Image Module) 83
 8.5. 光路モジュール (Optical Path Module) 89
 8.6. スライドラベルモジュール (Slide Label Module) 92
9. 一般モジュール (General Modules) 93
 9.1. SOP共通モジュール (SOP Common Module) 93
 9.2. 共通インスタンス参照モジュール (Common Instance Reference Module) 98
 9.3. フレーム抽出モジュール (Frame Extraction Module) 99
10. アノテーションモジュール (Annotation Module) 100
 10.1. 顕微鏡バルクシンプルアノテーションシリーズモジュール (Microscopy Bulk Simple Annotations Series Module) 100
 10.2. 顕微鏡バルクシンプルアノテーションモジュール (Microscopy Bulk Simple Annotations Module) 101
11. WSI関連マクロ. 107
 11.1. ピクセル測定値マクロ (Pixel Measures Macro) 107
 11.2. 派生画像マクロ (Derivation Image Macro) 109
 11.3. 平面位置(スライド)マクロ (Plane Position (Slide) Macro) 110
 11.4. 光路識別マクロ (Optical Path Identification Macro) 111
 11.5. 全スライド顕微鏡画像フレームタイプマクロ (Whole Slide Microscopy Image Frame Type Macro) 112
12. 属性マクロ. 113
 12.1. コードシーケンスマクロ (Code Sequence Macro) 113
 12.2. 内容項目マクロ (Content Item Macro) 116
 12.3. 画像SOPインスタンス参照マクロ (Image SOP Instance Reference Macro) 119
 12.4. シリーズとインスタンス参照マクロ (Series and Instance Reference Macro) 120
 12.5. SOPインスタンス参照マクロ (SOP Instance Reference Macro) 121
 12.6. コンテンツ識別マクロ (Content Identification Macro) 122
 12.7. HL7 v2階層指定子マクロ (HL7v2 Hierarchic Designator Macro) 123
 12.8. アルゴリズム識別マクロ (Algorithm Identification Macro) 124
13. マッピングリソース. 125
 13.1. 略語等説明. 125
 13.2. テンプレートID (TID) 126
  13.2.1. TID 8001 Specimen Preparation (標本準備) 126
  13.2.2. TID 8002 Specimen Sampling (標本サンプリング(切り出し)) 128
  13.2.3. TID 8003 Specimen Staining (標本の染色) 129
  13.2.4. TID 8004 Specimen Localization (標本の位置決め) 129
 13.3. コンテキストID (CID) 131
  13.3.1. CID 82 Units of Measurement (測定単位) 131
  13.3.2. CID 7202 Source Image Purposes of Reference (原画像の参照目的) 131
  13.3.3. CID 7203 Image Derivation (画像派生) 131
  13.3.4. CID 8101 Container Types (コンテナタイプ) 132
  13.3.5. CID 8103 Anatomic Pathology Specimen Types (病理標本タイプ) 133
  13.3.6. CID 8109 Specimen Collection Procedure (採取法) 133
  13.3.7. CID 8110 Specimen Sampling Procedure (標本サンプリング(切り出し)法) 134
  13.3.8. CID 8111 Specimen Preparation Procedure (標本準備法) 134
  13.3.9. CID 8112 Specimen Stains (標本の染色法) 135
  13.3.10. CID 8113 Specimen Preparation Steps (標本準備工程) 143
  13.3.12. CID 8115 Specimen Embedding Media (標本の包埋媒体) 143
  13.3.13. CID 8122 MICROSCOPY ILLUMINATOR AND SENSOR COLOR (顕微鏡照明装置とセンサカラー) 143
  13.3.14. CID 8123 MICROSCOPY ILLUMINATION METHOD (顕微鏡の照明方法) 144
  13.3.15. CID 8125 MICROSCOPY ILLUMINATOR TYPE (顕微鏡照明装置の種別) 144
 13.4. DICOM制御用語定義. 146
 13.5. 標準SOPクラス. 147
14. 追加情報. 148
 14.1. 日本語における文字セットおよび人名の値表現. 148
 14.2. 値符号化. 151
  14.2.1. PNの値表現をもつデータ要素の中の表意文字と表音文字. 151
  14.2.2. 未知(UN)値表現. 151
 14.3. 値複数度(VM)と区切り. 153
 14.4. データセット. 154
  14.4.1. データ要素. 154
  14.4.2. グループ長さ. 157
  14.4.3. リトルエンディアンのバイト順. 157
  14.4.4. データセットの入れ子構造. 158
 14.5. 固有識別子(UID) 161
 14.6. 私的定義固有識別子の生成. 163
  14.6.1. JAHIS会員のための私的定義固有識別子(UID) 164
 14.7. ネイティブまたはカプセル化フォーマット符号化. 165
  14.7.1. JPEG画像圧縮. 167
  14.7.2. JPEG2000画像圧縮. 168
 14.8. 転送構文. 171
  14.8.1. DICOMデフォルト転送構文. 171
  14.8.2. JPEG可逆圧縮のDICOMデフォルトに対する転送構文. 171
  14.8.3. JPEG非可逆圧縮のDICOMデフォルトに対する転送構文. 172
  14.8.4. JPEG2000圧縮のための転送構文. 172
 14.9. 転送構文仕様. 174
  14.9.1. DICOM暗黙的VRリトルエンディアン転送構文. 174
  14.9.2. DICOMリトルエンディアン転送構文(明示的VR) 175
  14.9.3. DICOMビッグエンディアン転送構文(明示的VR) 176
  14.9.4. 符号化画素データのカプセル化のための転送構文. 176
付録‐1. 標本管理ユースケース. 182
 (1) ユースケース-1 :外科病理―手術材料. 182
 (2) ユースケース-2 :内視鏡下生検. 183
付録‐2. DICOM画像フォーマット例(1). 184
 (1) 切り出し画像. 184
 (2) 顕微鏡画像. 190
 (3) スライド座標系顕微鏡画像. 202
付録‐3. DICOM画像フォーマット例(2). 206
 (1) 全スライド顕微鏡画像(WSI)データ構造. 206
付録‐4. 作成者名簿. 212
改訂履歴. 213
 
 

 

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