JAHIS標準20-003

JAHIS病理・臨床細胞DICOM画像データ規約Ver.3.1

全文ダウンロード


ま え が き
 

 院内における病理・臨床細胞部門情報システム(APIS: Anatomic Pathology Information System)の導入及び運用を加速するため、一般社団法人 保健医療福祉情報システム工業会(JAHIS)では、病院情報システム(HIS)と病理・臨床細胞部門情報システム(APIS)とのデータ交換の仕組みを検討しデータ交換規約(HL7 Ver2.5 準拠の「病理・臨床細胞データ交換規約」)を作成した。

 一方、医用画像の標準規格であるDICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)においては、臓器画像と顕微鏡画像、WSI(Whole Slide Images)に関する規格が制定されたことにより、この規格の普及を促進すべく「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約」を作成した。

  「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約」では、病理・臨床細胞部門の画像データに関する臓器画像と顕微鏡画像、大容量の画像を扱うWSI(Whole Slide Images)について必要な情報オブジェクト定義(IOD)モジュールおよび属性マクロのみ抽出して表記し、さらに、標本モジュールの改定に伴い、病理・臨床細胞分野に特有の標本の「識別・管理」についてユースケースを追加して表記した。

  DICOM規格は、1年に数回改定されるが、今回の「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約Ver.3.1」は、DICOM規格2019eを基に「病理・臨床細胞DICOM画像データ規約Ver.3.0」を改定した。

 Ver3.0からの変更点(追加、削除等)は、①原文の「may」に関する一部訳を正しい表現に修正、②属性マクロ追加、③各セグメント内属性追加、④各属性説明文の明瞭化、⑤一部誤訳修正である。

  本規約が医療資源の有効利用、保健医療福祉サービスの連携・向上を目指す医療情報標準化に多少とも貢献できれば幸いである。

2020年5月
一般社団法人 保健医療福祉情報システム工業会
医療システム部会 検査システム委員会


目 次

1. はじめに. 1
2. 適用範囲. 2
3. 引用規格・引用文献. 3
4. 用語定義. 4
 4.1. 主要用語. 4
 4.2. 値表現(VR) 8
  4.2.1. AE アプリケーションエンティティ (Application Entity) 8
  4.2.2. AS 年齢列 (Age String) 8
  4.2.3. AT 属性タグ (Attribute Tag) 8
  4.2.4. CS コ-ド列 (Code String) 9
  4.2.5. DA 日付 (Date) 9
  4.2.6. DS 10進数列 (Decimal String) 9
  4.2.7. DT 日時 (Date Time) 9
  4.2.8. FL 単精度浮動小数点 (Floating Point Single) 10
  4.2.9. FD 倍精度浮動小数点 (Floating Point Double) 10
  4.2.10. IS 整数列 (Integer String) 10
  4.2.11. LO 長列 (Long String) 11
  4.2.12. LT 長テキスト (Long Text) 11
  4.2.13. OB その他のバイト列 (Other Byte) 11
  4.2.14. OD その他の倍精度浮動列 (Other Double) 11
  4.2.15. OF その他の浮動列 (Other Float) 11
  4.2.16. OL その他のロング列 (Other Long) 11
  4.2.17. OV その他の64ビロング列 (Other 64-bit Very Long) 12
  4.2.18. OW その他のワード列 (Other Word) 12
  4.2.19. PN 人名 (Person Name) 12
  4.2.20. SH 短列 (Short String) 13
  4.2.21. SL 符号付長整数 (Signed Long) 13
  4.2.22. SQ 項目のシーケンス (Sequence of Items) 13
  4.2.23. SS 符号付き短整数 (Signed Short) 13
  4.2.24. ST 短テキスト (Short Text) 13
  4.2.25. SV 符号付き64ビット整数 (Signed 64-bit Very Long) 13
  4.2.26. TM 時間 (Time) 14
  4.2.27. UC 無制限文字 (Unlimited Characters) 14
  4.2.28. UI 固有識別子 (Unique Identifier) 14
  4.2.29. UL 符号なし長整数 (Unsigned Long) 15
  4.2.30. UN 未知 (Unknown) 15
  4.2.31. UR 一般的なリソース識別子または、一般的なリソースロケータ
            (Universal Resource Identifier or Universal Resource Locator (URI/URL)) 15
  4.2.32. US 符号なし短整数 (Unsigned Short) 15
  4.2.33. UT 無制限テキスト (Unlimited Text) 15
  4.2.34. UV 符号なし64ビット整数 (Unsigned 64-bit Very Long) 16
  4.2.35. 注意. 16
 4.3. データ要素タイプ. 17
  4.3.1. タイプ1 必須データ要素. 17
  4.3.2. タイプ1C 条件付きデータ要素. 17
  4.3.3. タイプ2 要求データ要素. 17
  4.3.4. タイプ2C 条件付きデータ要素. 17
  4.3.5. タイプ3 任意選択データ要素. 17
  4.3.6. シーケンス内のデータ要素タイプ. 18
 4.4. シーケンス. 19
 4.5. 属性マクロ. 20
5. 説明的な情報. 21
 5.1. 標本の識別・管理. 21
 5.2. 全スライド顕微鏡画像 WSI(Whole Slide Images) 30
6. DICOM画像データ構造. 38
 6.1. 画像データ構造. 38
  6.1.1. シングルフレーム構造. 38
  6.1.2. マルチフレーム-非連結構造. 38
  6.1.3. マルチフレーム-連結構造. 39
 6.2. DICOMファイルメタ情報. 41
 6.3. VL(可視光)顕微鏡画像情報オブジェクト定義. 44
 6.4. VL(可視光)スライド座標顕微鏡画像情報オブジェクト定義. 45
 6.5. VL(可視光)写真画像情報オブジェクト定義. 46
 6.6. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)情報オブジェクト定義. 47
 6.7. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)機能グループマクロ定義. 49
7. 情報オブジェクト定義(IOD)モジュール. 51
 7.1. 患者モジュール (Patient Module) 51
 7.2. 一般検査モジュール (General Study Module) 58
 7.3. 一般シリーズモジュール(General Series Module) 61
 7.4. 基準座標系モジュール (Frame Of Reference Module) 67
 7.5. 一般的装置モジュール (General Equipment Module) 69
 7.6. 一般画像モジュール (General Image Module) 73
 7.7. 画像画素モジュール (Image Pixel Module) 79
 7.8. 収集コンテキストモジュール (Acquisition Context Module) 88
 7.9. 標本モジュール (Specimen Module) 91
 7.10. VL(可視光)画像モジュール (VL Image Module) 95
 7.11. スライド座標モジュール (Slide Coordinates Module) 99
 7.12. SOP共通モジュール (SOP Common Module) 101
 7.13. マルチフレーム機能グループモジュール 
         (Multi-frame Functional Groups Module) 114
 7.14. マルチフレームディメンションモジュール
         (Multi-frame Dimension Module) 118
 7.15. 共通インスタンス参照モジュール
         (Common Instance Reference Module) 124
 7.16. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像シリーズモジュール
         (VL Whole Slide Microscopy Series Module) 125
 7.17. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像モジュール 
         (VL Whole Slide Microscopy Image Module) 126
 7.18. 光路モジュール (Optical Path Module) 132
 7.19. マルチ解像度ナビゲーションモジュール (Multi-Resolution Navigation Module) 136
 7.20. スライドラベルモジュール (Slide Label Module) 137
 7.21. ICCプロファイルモジュール (ICC Profile Module) 138
 7.22. パレットカラールックアップテーブルモジュール
         (Palette Color Lookup Table Module) 140
 7.23. 拡張一般的装置モジュール (Enhanced General Equipment Module) 144
 7.24. フレーム抽出モジュール (Frame Extraction Module) 145
8.属性マクロ. 146
 8.1. コードシーケンスマクロ (Code Sequence Macro) 146
 8.2. 人識別マクロ (Person Identification Macro) 151
 8.3. 内容項目マクロ (Content Item Macro) 153
 8.4. 画像SOPインスタンス参照マクロ (Image SOP Instance Reference Macro) 156
 8.5. 一般病理マクロ (General Anatomy Macros) 157
  8.5.1. 一般病理必須マクロ (General Anatomy Mandatory Macro) 158
  8.5.2. 一般病理要求マクロ (General Anatomy Required Macro) 159
  8.5.3. 一般病理任意マクロ (General Anatomy Optional Macro) 160
  8.5.4. 主要病理構造マクロ (Primary Anatomy Structure Macro) 161
 8.6. 依頼属性マクロ (Request Attributes Macro) 162
 8.7. SOPインスタンス参照マクロ (SOP Instance Reference Macro) 164
 8.8. 実行検査構成要素概要マクロ (Performed Procedure Step Summary Macro) 165
 8.9. HL7 v2階層指定子マクロ (HL7v2 Hierarchic Designator Macro) 167
 8.10. 患者ID発行者マクロ (Issuer of Patient ID Macro) 168
 8.11. デジタル署名マクロ (Digital Signatures Macro) 170
 8.12. シリーズとインスタンス参照マクロ (Series and Instance Reference Macro) 174
 8.13. 共通の機能グループマクロ (Common Functional Group Macros) 175
  8.13.1. ピクセル測定値マクロ (Pixel Measures Macro) 175
  8.13.2. フレームコンテンツマクロ (Frame Content Macro) 178
 8.14. 派生画像マクロ (Derivation Image Macro) 185
 8.15. VL(可視光)全スライド顕微鏡画像(WSI)機能グループマクロ
         (Whole Slide Microscopy Functional Group Macros) 187
  8.15.1. 平面位置(スライド)マクロ (Plane Position (Slide) Macro) 187
  8.15.2. 光路識別マクロ (Optical Path Identification Macro) 188
  8.15.3. 標本参照マクロ (Specimen Reference Macro) 189
 8.16. 参照インスタンス及びアクセス (Referenced Instances and Access Macro) 190
 8.17. UDIマクロ (UDI Macro) 193
 8.18. 患者グループマクロ (Patient Group Macro) 194
 8.19. 全スライド顕微鏡画像フレームタイプマクロ
         (Whole Slide Microscopy Image Frame Type Macro) 198
 8.20. セレクタ属性マクロ (Selector Attribute Macro) 199
9. マッピングリソース. 201
 9.1. 略語等説明. 201
 9.2. テンプレートID (TID) 202
  9.2.1. TID 8001 Specimen Preparation (標本準備) 202
  9.2.2. TID 8002 Specimen Sampling (標本サンプリング(切り出し)) 203
  9.2.3. TID 8003 Specimen Staining (標本の染色) 204
  9.2.4. TID 8004 Specimen Localization (標本の位置決め) 204
 9.3. コンテキストID (CID) 206
  9.3.1. CID 2 Anatomic Modifier (病理修飾語) 206
  9.3.2. CID 82 Units of Measurement (測定単位) 207
  9.3.3. CID 4206 Ophthalmic Channel Description (目のチャネル記述) 207
  9.3.4. CID 5001 Countries (国) 207
  9.3.5. CID 5002 Organizations (組織) 207
  9.3.6. CID 7004 Waveform Purposes of Reference (波形の参照目的) 207
  9.3.7. CID 7005 Contributing Equipment Purposes of Reference (貢献設備の参照目的) 207
  9.3.8. CID 7007 Signature Purpose (署名目的) 208
  9.3.9. CID 7030 Institutional Departments, Units and Services 
           (機関部門、ユニットおよびサービス) 208
  9.3.10. CID 7050 De-Identification Method (識別分離方法). 210
  9.3.11. CID 7201 Referenced Image Purposes of Reference (参照画像の参照目的) 210
  9.3.12. CID 7202 Source Image Purposes of Reference (原画像の参照目的) 210
  9.3.13. CID 7203 Image Derivation (画像派生) 211
  9.3.14. CID 7210 Related Series Purposes Of Reference (関連するシリーズの参照目的) 212
  9.3.15. CID 7454 Animal Taxonomic Rank Values (動物の分類学的ランク値) 212
  9.3.16. CID 7480 Breed (種族) 213
  9.3.17. CID 7481 Breed Registry (種族登録) 261
  9.3.18. CID 7486 Mixed Breeds (混血) 261
  9.3.19. CID 7490 Research Animal Source Registries (研究動物の登録簿) 262
  9.3.20. CID 8101 Container Types (コンテナタイプ) 262
  9.3.21. CID 8102 Container Component Types (コンテナ構成要素タイプ) 262
  9.3.22. CID 8103 Anatomic Pathology Specimen Types (病理標本タイプ) 263
  9.3.23. CID 8104 Breast Tissue Specimen Types (乳房組織標本タイプ) 263
  9.3.24. CID 8109 Specimen Collection Procedure (採取法) 264
  9.3.25. CID 8110 Specimen Sampling Procedure (標本サンプリング(切り出し)法) 265
  9.3.26. CID 8111 Specimen Preparation Procedure (標本準備法) 265
  9.3.27. CID 8112 Specimen Stains (標本の染色法) 266
  9.3.28. CID 8113 Specimen Preparation Steps (標本準備工程) 273
  9.3.29. CID 8114 Specimen Fixatives (標本固定剤) 274
  9.3.30. CID 8115 Specimen Embedding Media (標本の包埋媒体) 275
  9.3.31. CID 8120 WSI REFERENCED IMAGE PURPOSES OF REFERENCE 
           (WSI参照画像の参照目的) 275
  9.3.32. CID 8121 MICROSCOPY LENS TYPE (顕微鏡レンズの種別) 275
  9.3.33. CID 8122 MICROSCOPY ILLUMINATOR AND SENSOR COLOR
           (顕微鏡照明装置とセンサカラー) 276
  9.3.34. CID 8123 MICROSCOPY ILLUMINATION METHOD (顕微鏡の照明方法) 276
  9.3.35. CID 8124 MICROSCOPY FILTER (顕微鏡のフィルター) 276
  9.3.36. CID 8125 MICROSCOPY ILLUMINATOR TYPE (顕微鏡照明装置の種別) 277
 9.4. DICOM制御用語定義. 278
 9.5. 標準SOPクラス. 280
10. 追加情報. 281
 10.1. 日本語における文字セットおよび人名の値表現. 281
 10.2. 値符号化. 284
  10.2.1. PNの値表現をもつデータ要素の中の表意文字と表音文字. 284
  10.2.2. 未知(UN)値表現. 284
 10.3. 値複数度(VM)と区切り. 286
 10.4. データセット. 287
  10.4.1. データ要素. 287
  10.4.2. グループ長さ. 290
  10.4.3. リトルエンディアンのバイト順. 290
  10.4.4. データセットの入れ子構造. 291
 10.5. 固有識別子(UID) 294
 10.6. 私的定義固有識別子の生成. 296
  10.6.1. JAHIS会員のための私的定義固有識別子(UID) 297
 10.7. ネイティブまたはカプセル化フォーマット符号化. 298
  10.7.1. JPEG画像圧縮. 300
  10.7.2. JPEG2000画像圧縮. 301
 10.8. 転送構文. 304
  10.8.1. DICOMデフォルト転送構文. 304
  10.8.2. JPEG可逆圧縮のDICOMデフォルトに対する転送構文. 304
  10.8.3. JPEG非可逆圧縮のDICOMデフォルトに対する転送構文. 305
  10.8.4. JPEG2000圧縮のための転送構文. 305
 10.9. 転送構文仕様. 307
  10.9.1. DICOM暗黙的VRリトルエンディアン転送構文. 307
  10.9.2. DICOMリトルエンディアン転送構文(明示的VR) 308
  10.9.3. DICOMビッグエンディアン転送構文(明示的VR) 309
  10.9.4. 符号化画素データのカプセル化のための転送構文. 309
付録‐1. 標本管理ユースケース. 315
 (1) ユースケース-1 :外科病理―手術材料. 315
 (2) ユースケース-2 :内視鏡下生検. 316
付録‐2. DICOM画像フォーマット例(1). 317
 (1) 切り出し画像. 317
 (2) 顕微鏡画像. 323
 (3) スライド座標系顕微鏡画像. 335
 (4) 具体的なデータ例. 339
付録‐3. DICOM画像フォーマット例(2). 349
 (1) 全スライド顕微鏡画像(WSI)データ構造. 349
付録‐4. 作成者名簿. 358
改訂履歴. 359
 

 

ページトップへ